"Pokémon Rumble U conta a história da maior aventura dos Toy Pokémon: depois de um acidente na Loja Toy Pokémon, algumas Cápsulas Pokémon são levadas pela corrente do rio e vão parar a uma margem estranha. Os heróis partem à descoberta do caminho de volta para a Loja Toy Pokémon mas, durante o caminho, percebem que se passa algo de errado. Conseguirá ajudar os nossos amigos a descobrir por que motivo os Toy Pokémon lutam uns contra os outros e o que é que os Pokémon inimigos andam a conspirar?"